Năm 1940, với sự thất bại của Pháp và việc mở rộng của phe Phát xít, Liên Xô muốn hàn gắn mối quan hệ của mình với các nước ở Viễn Đông để bảo vệ biên giới phía đông và tập trung vào mặt trận châu Âu. Mặt khác Nhật Bản sa lầy tại chiến trường Trung Quốc với cuộc chiến gần như bất định và mối quan hệ với Hoa Kỳ ngày càng xấu đi nên tìm đến Liên Xô để cải thiện vị thế quốc tế của mình và cũng để đảm bảo biên giới phía bắc của Mãn Châu quốc khỏi mối đe dọa xâm lược.

Stalin lo sợ nếu Nhật Bản tấn công vào Liên Xô, Hoa Kỳ sẽ công khai ủng hộ và khuyến khích cuộc tấn công đó. Sau khi lễ ký kết thúc, một cử chỉ chưa từng có Stalin tiễn ngoại trưởng Matsuoka ra ga xe lửa. Đây là biểu tượng cho tầm quan trọng của Stalin gắn liền với các hiệp ước quốc tế. Nó cũng cho phép nâng cao vị thế trong việc đàm phán thương lượng với Đức.[1]

Hiệp ước được ký tại Moskva vào ngày 13 tháng 4 năm 1941, đại diện cho phía Nhật Bản là Ngoại trưởng Yosuke Matsuoka và Đại sứ Yoshitsugu Tatekawa đại diện cho phía Liên Xô là Ngoại trưởng Vyacheslav Mikhailovich Molotov.

Cùng ngày cũng có các biên bản ký kết liên quan đến Mông Cổ và Mãn Châu quốc[2]. Liên Xô đã cam kết tôn trọng toàn vẹn lãnh thổ và bất khả xâm phạm với Mãn Châu quốc, và Nhật Bản cũng làm điều tương tự với nước Cộng hòa Nhân dân Mông Cổ.

Sau đó vào năm 1941, Nhật Bản tham gia vào Hiệp ước ba bên, việc đó khiến hiệp ước trung lập Xô-Nhật gần như bị loại bỏ. Đặc biệt là sự xâm lược Liên Xô của phát xít Đức. Nhưng quyết định quan trọng là việc Nhật Bản mở rộng xuống phía nam và xâm lược thuộc địa của các nước châu Âu trong khu vực Đông Nam Á.

Ngày 5 tháng 4 năm 1945 Liên Xô tuyên bố xóa bỏ hiệp ước, thông báo cho chính phủ Nhật Bản rằng "theo Điều Ba trong bản hiệp ước,trong đó quyền bãi ước 1 năm trước khi hết thời hạn 5 năm hoạt động của hiệp ước, Chính phủ Liên Xô cho biết Chính phủ Nhật Bản mong muốn của mình xóa bỏ hiệp ước của ngày 13 tháng 4 năm 1941" [3]. Tạp chí Time cho rằng đây có thể là hành động sắp tuyên chiến Nhật Bản của Liên Xô [4]. Tuy nhiên theo văn bản thì hiệp ước có thời hạn đến tháng 4 năm 1946.

Nửa đêm ngày 9 tháng 8 năm 1945,Liên Xô tấn công Mãn Châu quốc, tuyên bố chiến tranh được công bố sau 6 tiếng sau. Do khác biệt về múi giờ,có thể coi ngày 8 tháng 8 là ngày tuyên chiến, khi đó tại Moscow mới là 11 giờ tối.[5]

Liên Xô đã giữ đúng lời hứa của mình với các nước đồng minh tại hội nghị Yalta về việc Liên Xô phải mở mặt trận chống Nhật từ 2-3 tháng sau khi chiến sự ở châu Âu kết thúc nhưng nó cũng là hành động vi phạm hiệp ước trung lập Xô-Nhật vẫn còn hiệu lực.